Điều khiến nhiều doanh nghiệp băn khoăn là: có cần lập hóa đơn GTGT cho hàng hóa bị tiêu hủy không? Và liệu thuế GTGT đầu vào có được khấu trừ, chi phí có được tính vào thuế TNDN?

Trong hoạt động kinh doanh, việc tiêu hủy hàng hóa do hết hạn sử dụng là điều không thể tránh khỏi. Tuy nhiên, điều khiến nhiều doanh nghiệp băn khoăn là: có cần lập hóa đơn GTGT cho hàng hóa bị tiêu hủy không? Và liệu thuế GTGT đầu vào có được khấu trừ, chi phí có được tính vào thuế TNDN? Câu trả lời nằm ở việc hiểu đúng bản chất pháp lý của thuế và tuân thủ hồ sơ chứng minh.

1. Tiêu hủy hàng hóa không phải là giao dịch thương mại – không cần xuất hóa đơn

Thuế GTGT là loại thuế gián thu, đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất – tiêu dùng. Hóa đơn GTGT là công cụ ghi nhận giao dịch kinh tế, phản ánh doanh thu và nghĩa vụ thuế phát sinh.

Tuy nhiên, khi doanh nghiệp tiêu hủy hàng hóa do hết hạn sử dụng, không có hoạt động mua bán, không có bên nhận hàng, không phát sinh doanh thu hay giá trị tăng thêm. Theo Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn chỉ được lập khi có hoạt động bán hàng hoặc cung ứng dịch vụ. Vì vậy, tiêu hủy hàng hóa không phải là đối tượng phải lập hóa đơn GTGT đầu ra.

Lưu ý: “Tiêu hủy hàng hóa” hoàn toàn khác với “hủy hóa đơn”. Một bên là xử lý tài sản, một bên là xử lý chứng từ – không thể thay thế cho nhau.

2. Thuế GTGT đầu vào vẫn được khấu trừ nếu có hồ sơ chứng minh tổn thất

Dù không phải xuất hóa đơn đầu ra, doanh nghiệp vẫn có thể khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tiêu hủy, nếu đáp ứng điều kiện pháp lý. Căn cứ theo quy định tại khoản 1 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP như sau:

Điều 23. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

1. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế. Trường hợp pháp luật có quy định về định mức hao hụt tự nhiên thì cơ sở kinh doanh được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa vượt định mức hao hụt không được khấu trừ thuế.

Theo quy định trên, miễn là doanh nghiệp có đầy đủ hồ sơ chứng minh tổn thất là khách quan (hết hạn sử dụng, biến đổi sinh hóa, thiên tai, dịch bệnh…), thì thuế GTGT đầu vào vẫn được khấu trừ. Đây là nguyên tắc đảm bảo tính công bằng của thuế GTGT – đánh vào tiêu dùng, không đánh vào tổn thất.

3. Chi phí tiêu hủy được tính vào thuế TNDN nếu tổn thất là khách quan

Theo Khoản 2, Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC, chi phí hàng hóa bị tiêu hủy có thể được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Tuy nhiên, chỉ áp dụng cho các trường hợp tổn thất khách quan như:

• Hết hạn sử dụng
• Biến đổi sinh hóa
• Thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn
• Không được bồi thường

Nếu hàng hóa bị hư hỏng do lỗi chủ quan (bảo quản sai, quản lý yếu kém…), chi phí này sẽ bị loại trừ. Do đó, doanh nghiệp vừa được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, vừa được tính chi phí hợp lệ, nhưng phải chứng minh rõ nguyên nhân khách quan.

4. Hồ sơ tiêu hủy là “tấm khiên” bảo vệ doanh nghiệp trước cơ quan thuế

Không có hồ sơ – không có khấu trừ, không có chi phí hợp lệ. Đây là nguyên tắc bất di bất dịch trong quản lý thuế. Bộ hồ sơ tiêu hủy hàng hóa cần đầy đủ các tài liệu sau:

• Quyết định thành lập Hội đồng tiêu hủy
• Biên bản kiểm kê hàng hóa hư hỏng
• Biên bản họp Hội đồng xử lý
• Bảng kê xuất – nhập – tồn
• Hồ sơ bồi thường (nếu có)
• Biên bản tiêu hủy có xác nhận của Hội đồng

Các công văn hướng dẫn như 9097/CTTPHCM-TTHT; 31789/CTBDU-TTHT; 46425/CT-TTHT đều thống nhất: không cần lập hóa đơn đầu ra cho hàng hóa tiêu hủy, nhưng hồ sơ phải đầy đủ, rõ ràng và hợp pháp.

5. Kết luận

Doanh nghiệp không phải lập hóa đơn GTGT đầu ra khi tiêu hủy hàng hóa hết hạn sử dụng. Thuế GTGT đầu vào vẫn được khấu trừ, và chi phí tiêu hủy vẫn được tính vào chi phí hợp lệ khi xác định thuế TNDN, với điều kiện tổn thất là khách quan và hồ sơ đầy đủ.

Hiểu đúng – làm đúng – lưu trữ đúng. Đó là cách doanh nghiệp bảo vệ mình trước rủi ro truy thu và xử phạt thuế.