Doanh nghiệp có thể khai bổ sung thuế GTGT đầu vào của các hóa đơn bị kê khai bỏ sót, tuy nhiên cần lưu ý thủ tục kê khai bổ sung.

Bài viết được sự tham vấn bởi Luật sư Nguyễn Quang Trung

Căn cứ pháp lý:

• Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008, được sửa đổi, bổ sung năm 2013;
• Luật Quản lý thuế năm 2019;
• Nghị định số 126/2020/NĐ-CP;
• Công văn số 7445/CTQNA-KK ngày 04/10/2023 của Cục thuế tỉnh Quảng Nam.

Chúng tôi nhận được câu hỏi như sau:

Xin chào Luật sư TLT, tôi vào làm kế toán cho một công ty thì phát hiện kế toán trước bỏ sót một số hóa đơn đầu vào chưa kê khai thuế, nhưng kỳ kê khai của các hóa đơn này thì đã qua rồi. Tôi có tìm hiểu trên mạng về việc này, nhưng tôi nhờ luật sư tư vấn cho tôi thêm về các quy định kê khai bổ sung như thế nào?

Về nguyên tắc, để bảo vệ quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp, nếu có sai sót trong việc kê khai thuế giá trị gia tăng đầu vào thì doanh nghiệp được kê khai bổ sung. Tuy nhiên việc kê khai bổ sung phải đúng thủ tục theo quy định.

1. Quyền kê khai bổ sung hóa đơn VAT đầu vào bị bỏ sót

Căn cứ điểm đ khoản 1 Điều 12 Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008, được sửa đổi, bổ sung năm 2013 như sau:

Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Theo quy định trên:

• Thuế VAT đầu vào phát sinh trong kỳ (kỳ theo tháng hoặc theo quý) nào thì được kê khai, khấu trừ trong kỳ đó;
• Nếu thuế VAT đầu vào bị kê khai sai sót thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế.

Quy định trên cho phép doanh nghiệp kê khai bổ sung hóa đơn VAT đầu vào bị khai sót, nhưng không hướng dẫn rõ việc khai bổ sung như thế nào, khai bổ sung vào kỳ kê khai nào.

2. Hướng dẫn kê khai bổ sung hóa đơn VAT đầu vào bị bỏ sót

Căn cứ khoản 1; 2; 3; 4 Điều 47 Luật Quản lý thuế năm 2019 như sau:

Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tạiĐiều 142 và Điều 143 của Luật này.
3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
   1. Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
   2. Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
4. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:
   1. Tờ khai bổ sung;
   2. Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.

Theo quy định trên:

• Thời hạn kê khai bổ sung là: 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan Nhà nước công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
• Nếu kê khai bổ sung sau khi cơ quan Nhà nước công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thì doanh nghiệp bị xử phạt vi phạm hành chính.

Căn cứ khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP như sau:

Điều 7. Hồ sơ khai thuế

4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:

a) Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.
Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai, sót tương ứng.

b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế. 

Theo các quy định trên, việc kê khai bổ sung hóa đơn VAT đầu vào bị bỏ sót mà kỳ kê khai của hóa đơn đó đã trôi qua thì được xử lý như sau:

• Hóa đơn VAT đầu vào phát sinh ở kỳ nào thì kê khai bổ sung vào kỳ mà hóa đơn đó phát sinh. (Bởi tờ khai thuế giá trị gia tăng cho phép nộp nhiều lần: lần đầu và các lần bổ sung). Ví dụ hóa đơn đầu vào phát sinh tháng 12/2023. Đến tháng 6/2024, kế toán phát hiện kê khai thiếu hóa đơn này, thì thực hiện kê khai bổ sung hóa đơn này vào kỳ tháng 12/2023 hoặc quý 4/2023;
• Nếu sau khi kê khai bổ sung mà phát sinh tăng thêm tiền thuế phải nộp thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm và tiền chậm nộp;
• Nếu sau khi kê khai bổ sung mà chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì thực hiện kê khai số thuế GTGT chênh lệch vào các chỉ tiêu: “Điều chỉnh tăng” hoặc “Điều chỉnh giảm” trên tờ khai thuế của kỳ hiện tại.

Ngoài ra, Công văn số 7445/CTQNA-KK ngày 04/10/2023 của Cục thuế tỉnh Quảng Nam cũng có hướng dẫn như sau:

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên thì việc kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng thực hiện:

• Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng nộp cho cơ quan thuế có đánh dấu “Lần đầu”, hồ sơ khai bổ sung được tính từ hồ sơ tiếp theo của hồ sơ khai thuế lần đầu đã được chấp nhận.
• Chỉ tiêu: “22-Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang” trên hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo bằng với chỉ tiêu: “43-Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau” trên tờ khai lần đầu đối với tờ khai 01/GTGT hoặc chỉ tiêu: “ 21-Thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn kỳ trước chuyển sang” bằng với chỉ tiêu: “32-Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” đối với tờ khai 02/GTGT.
• Hóa đơn GTGT đầu vào các kỳ trước bị sai, sót chưa kê khai thì người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế, kê khai bổ sung vào kỳ kê khai (tháng, quý) tương ứng với thời điểm phát sinh hóa đơn.
• Ví dụ: Người nộp thuế phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào tháng 01/2023 chưa kê khai thì thực hiện kê khai bổ sung tờ khai tháng 01/2023 hoặc quý I/2023 đối với người nộp thuế kê khai thuế GTGT theo quý.
• Sau khi khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai số thuế GTGT chênh lệch tương ứng vào các chỉ tiêu: “Điều chỉnh tăng”, “Điều chỉnh giảm” trên hồ sơ khai thuế lần đầu của kỳ tính thuế hiện tại.